Hiện nay, Ở các ao nuôi tôm cá dùng kháng sinh và các chất diệt khuẩn rất phổ biến.
Nhưng kháng sinh tiêu diệt cả các vi khuẩn có lợi trong đường ruột của tôm nếu được trộn vào thức ăn, khiến cho tôm chậm lớn. Hoặc chúng có thể diệt các vi khuẩn có lợi trong môi trường nếu đưa vào nước ao. Kháng sinh không diệt được virus. Vì thế với các bệnh do virus gây ra như đốm trắng, Taura, đầu vàng, tôm còi MBV hay hoại tử cơ quan tạo máu và biểu mô… thì không thể sử dụng kháng sinh để phòng hoặc trị.
Vì vậy trong quá trình nuôi chỉ nên sử dụng thuốc kháng sinh khi cần thiết, khi không còn phương cách khác để kiểm soát dịch bệnh, bởi vì việc sử dụng kháng sinh sẽ làm xáo trộn sự cân bằng vốn rất mong manh của môi trường thủy sinh, làm cho tôm nuôi phải chịu nhiều điều kiện khắc nghiệt hơn.
Thời gian gần đây, cơ quan thẩm quyền Nhật Bản đã phát hiện 2 lô tôm nhập khẩu từ Việt Nam có dư lượng kháng sinh vượt ngưỡng cho phép, trong đó 1 lô bị nhiễm enrofloxacin với nồng độ 0,03ppm, và cũng đã cảnh báo liên tiếp 05 lô hàng tôm đông lạnh của Indonesia nhập khẩu vào Nhật Bản về chỉ tiêu Benzalkonium chloride (BKC). Theo quy định của Nhật Bản, BKC không được phép sử dụng trong sản xuất thủy sản/ thực phẩm và có mức giới hạn mặc định là 0,01 ppm.
Việc lạm dụng kháng sinh và các hóa chất diệt khuẩn như BKC, xanh Malachite… gây tồn dư trong tôm cuối vụ nuôi, nếu dư lượng trong sản phẩm vượt quá mức cho phép, việc tiêu thụ sản phẩm sẽ gặp nhiều khó khăn, thậm chí không tiêu thụ được nên thiệt hại về kinh tế và an sinh xã hội là rất đáng kể.
Vì vậy, quá trình diệt khuẩn xử lý nước và trị bệnh cũng nên hạn chế sử dụng các chất như BKC, Iodine, xanh Malachite… vì đây là những chất gây tồn dư khó phân hủy trong ao đồng thời làm biến động rất lớn đến môi trường, gây sốc và chết tôm. Đặc biệt xanh Malachit bị cấm trên thị trường hiện nay vì tồn dư và gây bệnh nghiêm trọng trên người, trong đó có ung thư. Bronopol được Châu Âu khuyến cáo sử dụng thay thế cho xanh Malachite để điều trị bệnh trên tôm vì độ an toàn cao và thân thiện với môi trường, trị các bệnh nấm và kí sinh trùng mang lại hiệu quả cao.
Để giải quyết vấn đề an toàn vệ sinh thực phẩm của thủy sản nguyên liệu từ nuôi trồng, hạn chế tình trạng tồn dư hóa chất và kháng sinh. Hộ nuôi nên sử dụng các chế phẩm sinh học như vi sinh, enzym định kì để kiểm soát chất lượng môi trường và phòng ngừa bệnh ngay từ đầu vụ. Nếu trường hợp buộc phải dùng kháng sinh, hộ nuôi có thể kết hợp dùng Yucca cuối vụ để đào thải dư lượng kháng sinh không mong muốn, cải thiện chất lượng sản phẩm tôm cá cuối vụ.